"Iconizzare" non si puo` fare con tutti i sistemi operativi. Credo solo con Win da browser IE, e non conosco la sintassi.

Se invece ti basta mettere la finestra in secondo piano, basta dare il focus ad un'altra finestra; eventualmente puoi spostare una finestra fuori dal campo visibile, se proprio non vuoi che venga vista:

win1 = window.open(....)
win1.moveTo(4000,4000);

Ciao
Michele