Ora non mi da nessun errore ma non mi restituisce l'alert quando il dato è sbagliato. Per comodità di controlli ho diviso lo script in due parti:

function checkQta() {
var a = document.forms[0].qta.value;
if (a == "-"){
alert ("Inserire la quantità in formato numerico");
}
}
function checkPrezzocad() {
var b = document.forms[0].prezzocad.value;
if (b == "-"){
alert ("Inserire il prezzo unitario in formato numerico");
}
}

<input type="text" style="border:1px darkred solid; background:<%=bgcolor%>; color:black; font-size:12; FONT-FAMILY: verdana; text-align: center" name="qta" onBlur="checkQta()" value="-" size="3">

<input type="text" style="border:1px darkred solid; background:<%=bgcolor%>; color:black; font-size:12; FONT-FAMILY: verdana; text-align: center" name="prezzocad" onBlur="checkPrezzocad()" value="-" size="8">