prova a controllare le proprietà del PROMPT (mouse sopra icona, tasto destro, proprietà) dovrebbe esserci un'opzione del tipo "chiudi all'uscita" o qualcosa del genere... CLS sta per CLear Screen (pulisce lo schermo).
altrimenti prova ad inserire il comando END o EXIT (ora non ricordo ) dopo CLS

Per il PIPE "|" sono esatti entrambi i codici.
(nel mio esempio, passa il comando START a entrambi gli eseguibili)