Attenzione Francis, nel tuo script ci sono un paio di cose non corrette.

1. la funzione close() e` un metodo nell'oggetto window, quindi non puo` venir ridefinita come hai fatto: in qualche browser potrebbe non funzionare;

2. per chiudere una finestra occorre applicare il metodo close() al suo oggetto, non al suo nome.

Quindi se la popup e` stata aperta con:

var win1 = window.open("...", "nomefin1", "...");

puo` venir chiusa con:
win1.close();

Ciao
Michele