I browser sono fatti per il Web, e per la protezione dell'utente navigatore non e` possibile la chiusura della finestra principale (quindi non pop-up) tramite JS.

Forse se usi solo browser IE puoi trovare nel sito MSDN le istruzioni VBS o Jscript per chiudere anche la principale, ma io non ho esperienza inproposito.

Ciao
Michele