Intendo questo:
Inserisci nell'HEAD della pagina che contiene gli swf:

code:
<script language="JavaScript">
self.moveTo(0,0);self.resizeTo(screen.availWidth,s creen.availHeight);
self.focus();
</script>

Poi crei un'altra pagina html che ti apre la popup (la pagina con gli swf) con questo codice, sempre nell'HEAD:

code:
<script language="Javascript">
newwindow=window.open('tua_pagina.htm', '', 'width=800,height=600,scrollbars=no')
window.opener=self
</script>