Attenzione all'ordine:

onClick="Decolora(); Colora('livello1');"

Dove Decolora() toglie il colore a tutti (tramite un loop) e Colora mette il colre al livello passato.

La cosa migliore e` usare i CSS, modificati tramite JS:
codice:
function Colora(idd) {
  document.getElementById(idd).style.backgroundColor = 'ABCDEF';
}

function Decolora() {
  var liv;
  for (var i=0; i<MAX; i++) {
    liv = 'layer'+i;
    document.getElementById(liv).style.backgroundColor = 'ffffff';
  }
}
Ho suposto che i vari livelli fossero dei <div>.

Per il resto delle domande, la cosa e` compessa da spiegare in teoria. Implementa le routine qui sopra, organizza bene il tutto e poi ne riparliamo.

Ciao
Michele