dividi l'animazione in più movie clip, quando finisce il primo lo rendi invisibile e fai partire il secondo

per controllarlo dalla _root basta che associ il movie clip ad una variabile e agisci su quella

tipo

variabile=mc1

....

variabile.gotoAndPlay(1)

ovviamente ogni volta che fai partire il movie clip successivo devi cambiare il valore della variabile

però sinceramente per fare quello che vuoi fare tu, sarebbe meglio il loadmovie sennò ti viene un filmato immenso