IE visualizza giustamente la finestra perche' si sta tentando di chiudere la finestra principale del browser, che e' stata aperta per volonta' dell'utente, e nella quale e' memorizzata l'history della sessione (grazie alla quale potrebbe tornare indietro, se il tuo sito non fosse esattamente cio' che cercava).
Chiuderla senza chiedere conferma non mi sembra molto educato...

ciao