molto dipende anche dal grado di dinamicità che deve avere la tua applicazione,
se le rotte non cambiano spesso puoi semplicemente usare la cartina come sfondo di una tabella contenente le rotte sotto forma di gif trasparenti (dovrai quindi prepararle con un programma di grafica)

altrimenti flash (e soprattutto flash mx che ha strumenti x disegnare bordi e riempimenti dinamicamente) è sicuramente la soluzione + semplice

altra alternativa, oltre a quella segnalata da Michele, è usare il dhtml e i livelli, ti posto un link ad una libreria che serve a fare proprio questo appena riesco a ritrovarlo
ciao