non compromette tempi di download.. ma dipende che cosa intendi con questa affermazione.
in un filmato swf compilato con o senza scene (fatto allo stesso modo) non ci sono differenze in termini di esecuzione (a parte l'audio che si interrompe fra scena e scena..)
Se nelle tue intenzioni devi limitare i tempi di caricamento meglio usare filmati esterni che vengon caricati al posto di uno unico grosso e pesante.