Con quel codice fai il confronto fra le stringhe. Chiaramente "100" e` minore di "90", perche` "1" e` minore di "9".

Se vuoi fare il confronto tra numeri devi convertire le stringhe in numeri, con parseInt() o parseFloat():

var firstnumber = parseInt(document.percentualeavanzamento.oldnumber .value);
var secondnumber = parseInt(document.percentualeavanzamento.avanzamen to.value);
if (secondnumber<firstnumber) { ...

Ciao
Michele