è da circa un anno che non uso più crypt, ma se non ricordo male
potresti aver sbagliato in uno di questi passi:

1) non hai incluso l'header
2) non hai definito una particolare costante all'inizio del programma
ma le istruzioni per farlo le trovi se fai 'man crypt'
3) non hai linkato la libreria mentre compili
gcc -o crypt -lcrypt crypt.c

prova e fammi sapere.


PS:scusa se non ricordo bene ma è da tanto che non la uso.