Ho avuto un problema analogo per una presentazione dove duplicavo molte clip e tenevo su un key-frame una mc (non duplicata) con una swap maggiore delle clip duplicate.
La prima volta tutto ok, la seconda la mc fissa col depth maggiore finiva sempre inesorabilmente sotto le duplicate con livelli inferiori...

Cmq ho risolto il problema (e mi ha funzionato) mettendo questo codice sulla mc fissa:

onClipEvent(load){
this.swapDepths(1000+_parent.valoredep)
_parent.valoredep++
}

in pratica ogni volta che ricapitavo su quel keyframe ridavo il depth alla mc fissa di un valore superiore a quello che gli avevo dato la volta precedente (tramite appunto la variabile "valoredep" che tenevo presente sulla root).

Ti ripeto che mi ha funzionato egregiamente...
vedi tu, altro non so dirti.

ciao