Se vuoi semplicemente cancellarlo prova ad avviare il sistema in modalità provvisoria e poi a cancellarlo.

Se invece sei curioso di saper cosa lo blocca puoi provare Process Explorer una utility free della sysinternals che altro non è che un taskmanager avanzato:

http://www.sysinternals.com/files/procexpnt.zip

una volta decompresso in una cartella a tua scelta lancialo e scegli la voce Search (non mi ricordo quale menu sia) e inserisci il nome del tuo file. Così dovresti trovare quale processo ha messo un lock sul tuo file. In questo modo potresti anche terminare il processo (o il thread) in questione per eliminare il tuo file.

Per lanciare il programma devi avere diritti di amministratore.