Occhio al file system! Se XP usa il file system NTFS, win98 (man anche 95 e ME che hanno lo stesso kernel) li devi mettere in C:
O, per lo meno sulle unità precedenti ad NTFS.
Siccome Win98 non è in grado di leggere il file system NTFS, se questo sta in partizioni precedenti, crea dei casini in fase di boot e ti si pianta.

Per il boot che ti propone all'inizio, si tratta di un file (di quelli nascosti) che sta in C:
Devi modificarlo a seconda delle modifiche che apporti. Si è installato quando hai messo su WinXP.
Se sostitisci il W98 in C:, fatti una copia di backup del file del boot loader, altrimenti non avvii + XP.

Spero di essere stato abbastanza chiaro. Altrimenti posta i dubbi