Il motore legge le pagine html, cioè IL RISULTATO del tuo script php che prende i dati dal db mysql. Quindi, il fatto che tu utilizzi php o asp + mysql o il linguaggio baobao non cambia nulla.
L'unica nota è che se tu avessi una pagina in html puro, probabilmente avresti qualche piccolo vantaggio in più (c'è chi sostiene questa teoria).
Per quanto riguarda il page rank e tutti gli altri criteri, i discorsi sono sempre gli stessi e non dipendono dalla tecnologia che utilizzi, trovi parecchio materiale al riguardo su questo forum.