questi problemi di conflitti tra script dipendono dal fatto che l'uno sovrascrive variabili o proprietà utili anche all'altro.
In particolare questi problemi sono legati all'inizializzazione degli script lanciata, di solito, all'onload della pagina.
Quello che dovresti fare è controllare che uno script non sovrascriva l'onload dell'altro e cercare di inglobare le chiamate in una solo, del tipo:
codice:
//INIZIALIZZAZIONI
window.onload=function(){
                 menuInit();
                 fadeInit(); //la funzione chiamata all'onload dal fade
}
inoltre controlla che variabili comuni come:
ie=document.all?1:0
n=document.layers?1:0
ns6=document.getElementById&&!document.all?1:0
non cambino di significato da uno script all'altro...(mi riferisco sempre alla sovrascrittura delle variabili).
ciauz