Per il browser l'indirizzamento deve essere assoluto (rispetto alla root del sito) o relativo (rispetto alla posizione attuale della pagina).

nel tuo caso quindi sara' (a seconda della posizione della pagina e del file)

response.write "parent.location='" & "\PDF\" & nomefile & ".pdf" & "'"

oppure

response.write "parent.location='" & "PDF\" & nomefile & ".pdf" & "'"

ciao