Ho provato questo:

<script>
function apri(){
if(confirm("messaggio"));
window.open("indirizzo.htm");
}
</script>

va bene,
solo che per la finestrella con msg dovrebbe aprirsi automaticamente,mentre con questo script per far comparire il msg bisogna cliccare sul link,non è possibile far si che lo script parta in automatico quando si apre la pagina dove è inserito.
Grazie.