In Java le stringhe non sono modificabili.
Quindi l'oggetto String di nome data che passi come argomento ti verrà restituito immutato.

Fai così:
codice:
public String controlloData(String data){
    String newData = "";
    if(data.indexOf("GEN")>0) {
        newData = data.replaceFirst("GEN","JAN");
    }
    ...
    ...
    ...
    return newData;
}

Dovrebbe funzionare, non l'ho provato.

Ciao.