per le differenze non ti so rispondere (non conosco C#), ma per quanto riguarda il resto c'è da dire che innanzitutto i tuoi due programmi non sono uguali, includi librerie differenti e chiami funzioni differenti, la iostream.h include molte altre librerie (e quello probabilmente fa aumentare il peso del tuo exe), ma d'altronde anche stdio.h include altre librerie.
Cmq dipende anche dai compilatori...codici uguali possono pesare differntemente se compilati con compilatori differenti (dipende dalle opzioni del compiler e del linker)