Di php purtroppo non ci capisco nulla.
Solitamente, quando con javascript devo passare dei valori, ripresi da una popup faccio così.

Ti posto il codice della pagina in cui devo inserire i valori e della popup.
Non guardare il codice, l'ho scritto male per fare in fretta
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Pagina che lancia la popup, che ho chiamato prova.html

<html>
<head>
<title></title>
<script language="javascript">
function ApriFinestra(url,w,h)
{
PopupWin = window.open(url,w);
PopupWin.focus();
}
</script>
</head>
<body marginleft="0" marginheight="0" marginwidth="0" topmargin="0" leftmargin="0">
<form>
<input type="text" name ="CampoSotto" value="">
</form>
Apri Finestra
</body>
</html>
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Popup che ho chiamato popupprova.html

<html>
<head>
<title></title>
<script>
function prova()
{
self.opener.document.forms[0].CampoSotto.value = document.forms[0].CampoPopup.value;
self.close()
}
</script>
</head>
<body marginleft="0" marginheight="0" marginwidth="0" topmargin="0" leftmargin="0">
<form>
<input type="text" name ="CampoPopup" value="">
<INPUT TYPE="SUBMIT" name="Submit" value="submit" onClick="javascriptrova();">
</form>
</body>
</html>
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Spero di aver capito quello che vuoi fare.
Se è così e anche con i codici postati il tuo problema non si risolve, penso sia meglio che tu chieda nel forum dedicato al php, magari qualcuno ha una soluzione migliore.

Ciao