E allora dov'e' il problema? una finestra popup non necessita conferme... evidentemente hai un form con target=qualcosa , ti consiglio di modificarlo cosi':

<form action="tuaPag.asp" target="qualcosa" onsubmit="window.open('','qualcosa');">

ed allora basta un semplice

<script>window.close()</script>

nella pagina di risposta per ottenerne la chiusura.

ciao