Correggo quanto precedentemente scritto.
Ho fatto una prova...

- menù a tendina in JS
- iframe con pagina esterna
- nessun z-index impostato

non ho riscontrato nessun problema, le voci del menù si vedono benissimo sopra l'iframe.

Magari Andry 80 visualizza un SWF nell'iframe....
un po' di codice?