Le permissions, si applicano solo alle cartelle condivise, e valgono solo per gli utenti che si connettono tramite la rete, e si possono impostare anche con la FAT32. Le security sono proprie di NTFS, e valgono anche per gli utenti che lavorano sulla macchina stessa in cui vengono impostate.
Se si impostano ambedue per la stessa cartella, il risultato sarà una combinazione dei due permessi.
Di solito si evita di utilizzare le permission!
Inoltre le security permettono una maggior possibilità di livelli di controllo della cartella.

@raffaelebattagl: ti si è bloccato il MAIUSC?