Un trucco potrebbe essere quello di usare il tag BASE dell'html, che ti permette di stabilire in quale frame di default debbano aprirsi i collegamenti; potresti dire

<BASE target="_blank">

che fa si che tutti i link per cui non è specificato un target si aprano in un'altra finestra.

Dopodichè, naturalmente, a tutti i link normali devi aggiungere

<a href="...." target="_top">

In modo che si aprano nella stessa finestra invece che in una nuova come specificato dal BASE.

Ciao!