Dando per scontato che non puoi impedire al mouse di uscire dalla popup, non ti rimane che modificare opportunamente le funzioni che gestiscono gli eventi del mouse sulla pagina principale... eventualmente utilizzando un test sull'esistenza della popup:

<script>
var isPop;
function apri() {
isPop = window.open("miaPag.htm")
}

function miaOnMouseUp() {
if (isPop && !isPop.closed) {
// qui gestisci l'evento
}
}
</script>

ciao