OK, vediamo di chiarire un po' le cose:

1)tu hai una finestra principale con un determinato titolo (ad es. "Main") che viene settato inserendo nell'header:
<title>Main</title>

2)cliccando su un link all'interno di una finestra popup, vuoi che la nuova pagina venga caricata all'interno della finestra principale "Main" e che la popup si chiuda. Per fare ciò, allinterno del file html per la popup utilizzi il codice che ti ho postato:
<head>
<script language="JavaScript">
<!--

-->
</script>
</head>

<body>
link
</body>

Tutto chiaro?