Io fare così (in c#) :

DateTime x = new DateTime(2003,9,1,15,7,50);
DateTime y = new DateTime(2003,9,1,13,6,50);
long x_sec= (x.Hour * 60)*60 + x.Minute*60 + x.Second;
long y_sec= (y.Hour * 60)*60 + y.Minute*60 + y.Second;

long differenza = x_sec - y_sec;


Trasformi gli orari in interi e fai i tuoi calcoli. Tutto salta se confronti orari appartenenti a giorni diveri. In quel caso devi commutare anche il giorno in secondi, e poi il mese, e poi l'anno ....

ciao