Forse qualcosa del genere?

if (document.NOMEFORM.NOMECHECKBOX1A.checked && document.NOMEFORM.NOMECHECKBOX1B.checked) {
window.alert("TuoMessaggio");
}

if (document.NOMEFORM.NOMECHECKBOX2A.checked && document.NOMEFORM.NOMECHECKBOX2B.checked) {
window.alert("TuoMessaggio");
}

if (document.NOMEFORM.NOMECHECKBOX3A.checked && document.NOMEFORM.NOMECHECKBOX3B.checked) {
window.alert("TuoMessaggio");
}

Naturalmente funziona solo se le tue checkboxes hanno nomi univoci
Secan