nell'esportazione in formato .avi viene in realtà esportato tutto quello che sta sulla timeline principale e si perdono le animazioni dentro i movieclip.
Almeno dovrebbe essere così.
Probabilmente la tua animazione viene fatta con dei duplicateMovie
e temo che non ci sia nulla da fare, a meno che...

prova così:

1) crei un nuovo filmato delle stesse dimensioni del tuo.
2) importi in questo nuovo filmato il file .swf del tuo filmato (quello che devi trasformare in .avi)
3) esporti in formato .avi

prova... chissà