per quanto riguarda che va a scatti aumenta il frame rate in flash mettilo per esempio a 40.
IL canale alpha non viene perso se esporti in avi.
Per esempio prova a mettere fotogrammi interi non compressi quando scegli il tipo di codec per il file avi e vedrai che il canale alpha rimane.
Probabilmente hai scelto un tipo di codec errato che non supporta il canale alpha.