Se ho capito bene (ma non ne sono sicuro), non e` tanto un problema di sintassi, ma di logica e di computer.
PHP gira sul server, JS sul client.
Puoi passare dei parametri fra i due programmi, ma non puoi farli interagire direttamente.
PHP -> JS
<script ...>
var var1js = '<?echo var1php;?>'; // variabile stringa
var var1js = <?echo var2php;?>; // variabile numerica
...
</script>
JS -> PHP
<form ... action="pagina.php" method="..." ...>
<input ....>
<input ....>
</form>
JS -> PHP
<a href="pagina.php?var1=VAR1&var2=VAR2">...
Ciao
Michele