Dalla versione 5.5 c'è la comoda funzione File>Salva per Web.
Poi sotto impostazioni selezioni GIF, abiliti la trasparenza e scegli il numero di colori con cui salvare la tua immagine.
Controlla con l'Anteprima quali vanno meglio aumentandone man mano il numero finchè il risultato non ti soddisfa.