Non e` cosi` semplice.

Il JS non conosce le sessioni (come invece ASP).
Ogni pagina ha una vita sua indipendente, per cui quando cambi pagina tutte le variabili precedentemente definite (compreso il timer) vengono perse.

A questo punto hai due strade:
1. fare un frame e mettere il timer nel frameset
2. tenere il timer sul server, e trasmetterlo al client per ogni pagina che viene trasmessa, in modo che scatti in tutte le pagine.

Esempio (caso 2):

<head>
...
<script ...>
var tim = <%=tempo_residuo%>*60000;
setTimeout('alert("attenzione la sessione e` scaduta")', tim);
</script>

Dove la varibile (ASP) tempo_residuo contiene il tempo in minuti; se lo preferisci in secondi, devi moltiplicare solo per 1000.

Ciao
Michele