Secondo me è corretto che il timer riparta da zero ad ogni caricamento della pagina visto che anche per il timeout delle sessioni è così. Quando una pagina viene caricata se il session.timeout di una sessione è 20 min la sessione scadrà dopo 20 min di inattività da parte dell'utente, mentre anche un semplice refresh farà ripartire il timeout da 0.
Anche se formalmente il timer js e il session.timeout lavorano separatamente (ci mancherebbe!) nella sostanza questa scissione non si noterà.
Senza usare frames basterà che ogni pagina interessata contenga il codice di Mich_

codice:
tempTimeOut=70'minuti

<script ...> 
var tim = <%=tempTimeOut%>*60000; 
setTimeout('alert("attenzione la sessione e` scaduta")', tim); 
</script>
Ovviamente anche il session.timeout andrà impostato a 70 min (nel global.asa)

Per la visualizzazione del timer in alcuni siti ho visto che veniva fatta nella statusbar, fai una ricerca con status (o status()) se ti interessa questa via.