Allora, hai due possibilità:

1) cambi uno dei due titoli delle pop-up:

onclick="window.open ('programma.htm','newWinA ', 'scrollbars=yes,status=no,resizable=no,t
op=100,left=150,width=500,height=500');" href="#"

onclick="window.open ('programma.htm','newWinB ', 'scrollbars=yes,status=no,resizable=no,t
op=100,left=150,width=500,height=500');" href="#"


2) usi due funzioni differenti per aprire le pop-up (come ti ha dett cigno):

<html>
<head>
...
<script language="Javascript">
<!--
function apriA() {
window.open ('programma.htm','newWin','scrollbars=yes,status=n o,resizable=no,t
op=100,left=150,width=500,height=500');
}

function apriB() {
window.open ('programma.htm','newWin','scrollbars=yes,status=n o,resizable=no,t
op=100,left=150,width=500,height=500');
}
//-->
</script>
</head>
<body>
...
linkA
linkB
</body>
</html>

Secan