Io ho usato InnoSetup e mi sono trovato molto bene; all'inizio sembra un po' incasinato ma poi con l'aiuto della guida va alla grande.
Tra l'altro ho provato un editor chiamato IsTool (mi sembra...) che consigliano anche sul sito di InnoSetup e riesci a creare gli script completamente attraverso dei wizard.

ciao