Non sono riuscito a seguire tutto il tuo script, ma ti posso esprimere alcune considerazioni:

Il fatto di poter agire in una finestra che non ha il focus, dipende dal Sistema Operativo (SO): in Windows non e` possibile, in Linux si` (settando le opzioni opportunamente).

Comunque con qualsiasi SO ci puo` essere solo una finestra che ha il focus, mentre mi pare che il tuo script metta il focus automaticamente su due finestre (ma potrei sbagliarmi).

Detto questo ti invito a ripensare al flusso dei foci tra le varie finestre (ripeto: io non ci sono riuscito, ovvero no ci ho neppure provato), e provare ad esprimere il tuo quesito in funzione di tali ripensamenti.

Ciao
Michele