lo script che avevo usato era questo:
<script type="text/javascript">
<!--
function entra() {
var w = 800;
var h = 600;
var l = Math.floor((screen.width-w)/2);
var t = Math.floor((screen.height-h)/2);
window.open("index.htm","entra","width="+screen.Av ailWidth+",height="+screen.AvailHeigth);
}
//-->
</script>

e tra i body
Entra

Ho provato a cambiare risoluzione per controllare però adesso IE non è più come prima (ha i problemi di cui sopra) anche se questo script non l'ho più usato.