[supersaibal]Originariamente inviato da Habanero
puo essere dovuto ad una errata conversione dei CR+LF di windows nel solo LF di Linux per l'invio a capo.

Che client ftp usi?
Guarda se ha la possibilità di settare manualmente il trasferimento in modo ASCII (e non BINARY) del file.

Al limite prova con il comando FTP della shell di windows, che di sicuro supporta la modalità (se ti servono delucidazioni chiedi pure)

Se non risolvi comunque puoi sempre usare un editor che supporti ricerca e sostituzione anche dei caratteri speciali per sostituire il doppio invio a capo con uno solo
...al limite va bene anche Word:
apri il file scegli Modifica->Sostituisci
nel campo trova scrivi ^p^p
(^p è il codice per l'invio a capo)
nel campo sostituisci scrivi ^p
premi su sostituisci tutti.
salva in modalità solo testo (txt). [/supersaibal]
Grazie per la risposta, in effetti anche il capo mi aveva detto che probabilmente era un problema dovuto al diverso carattere di "a capo" unix-windows.
Grazie anche per il consiglio con Word, ci avevo pensato ma non conoscevo il codice ^p^p (in "trova-sostituisci" nei caratteri speciali ho trovato ^l (interruzione di riga manuale) ma non era quello che serviva.