Ciao,
ci sono due proprietà che devi passare come parametri alla funzione che apre la finestre:
1- screenX: specifica la coordinata X dell'angolo superiore sinistro della finestra
2- screenY: specifica la coordinata dell'angolo superiore sinistro della finestra

Esempio: window.open(pippo.html','pippo','width=100, height=100, screenX=0, screenY=0')