Basta rendere parametrica la funzione per l'apertura delle pop-up. Ad esempio, nel caso in cui tu volessi aprire diversi file all'interno di altrettante finestre pop-up tutte con lo stesso "stile" (dimensioni, scrollbars, statusbar, ecc...):

codice:
<script language="JavaScript">
<!--
function apri(file,finestra) {
 window.open(file,finestra,"width=500,height=500,scrollbars=no,statusbar=no,ecc...");
}
//-->
</script>
poi richiami la funzione passando gli opportuni parametri:

codice:
apri("pippo.html","popup1");
apri("pluto.html","popup2");
apri("paperino.html","popup3");
...