Allora:
con qualche modifichina, abbiamo parzialmente risolto, nel senso che lascia il buco, però elimina l'elemento presente in entrambi gli array (scusa ma ti posto con i nomi degli array che uso io):
var risultato=new Array(comitati.length);
for (var j=0; j<=comitati.length-1; j++) {
risultato[j]=comitati[j];
}
for (var i=0; i<=comitati.length; i++) {
var elem1=comitati[i];
for (var d=0; d<=comitati_presenti.length-1; d++) {
var elem2=comitati_presenti[d];
if (elem1==elem2) {
risultato[i]=risultato.splice(i);
}
}
}