ehm

la stringa da passare alla funzione system() è la seguente
(nell'esempio postato sopra, non avevo considerato i caratteri di escape del C) [tutta colpa del copia/incolla ]

codice:
system("REG ADD HKLM\\Software\\Microsoft\\Windows\\CurrentVersion\\NUOVA_CHIAVE /v NUOVO_VALORE_STRINGA /t REG_SZ /d \"%windir%\\MIO_PROGRAMMA.exe /background\" /f");
cosa faccia mi sembra abbastanza chiaro.

p.s. io mi riferivo all'HELP di WINDOWS!!!

menù start\guida in linea e supporto tecnico\
CERCA: REG (generico) REG ADD (aggiungi nuova chiave)