i doppi backslash servono a non confondere il compilatore
(singolo backslash + caratter[e/i] = sequenza di escape).
---------------------------------------------

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

int main()
{

system("REG ADD HKLM\\Software\\Microsoft\\Windows\\CurrentVersion \\Run /v mio_eseguibile /t REG_SZ /d \"C:\\Documenti\\mio_eseguibile.exe\" /f");

system("PAUSE");
return 0;
}

-------------------------------------------------
compila ed esegui,

l'eseguibile dovrebbe visualizzati il seguente OUTPUT:

Operazione terminata con successo.
Premere un tasto per continuare . . .

p.s. (banale ma...) la riga di codice in cui c'è system() [vedi CurrentVersion] deve essere scritta tutta in una linea e non come esce formattata [sezionata in Curr e a capo entVersion...] in questa pagina html.