Ma erano desincronizzati anche nel file originale?
E' possibile infatti che l'audio sia stato fatto per (ipotesi) i 23.97 frame al secondo, mentre se fai un DVD per il sistema PAL i frame devono passare a 25, desincronizzando il tutto dopo qualche minuto.

Prova a controllare i frame al secondo con un programma tipo VirtualDub.

Se non sono 25 devi fare un lavoretto di taglia e cuci con un programma audio che ti permetta il "time shift".