Salvare la sola cartella "programmi" non ti servirebbe a niente; intanto, come dici tu, sono necessarie anche le informazioni che c'erano nel registro ed inoltre molto spesso, durante l'installazione di un programma, vengono anche installate e registrate librerie (.dll) nelle cartelle di sistema (tipicamente c:\winnt\system32 o c:\windows\system32, etc) e senza quelle i programmi non funzionano.
Se ti interessa farti un backup non solo dei dati (file, documenti, etc) ma anche dei programmi devi pensare a qualcosa che faccia una "immagine" del disco, cioè che salvi TUTTE le informazioni in modo da poterlo ripristinare esattamente com'era prima. Il programma più diffuso che ti permette di fare questo è Ghost (Symantec)