In realta` non e` come dici, ma l'apparenza e` quella.

Quando dai il comando window.print, in realta` passi il controllo ad un daemon del SO, che si prende in carico di procedere con il comando.

Il fatto e` che tale comando e` lento (tra l'altro dovrebbe anche chiedere il consenso dell'utente), mentre lo script prosegue.

Non credo sia possibile far fermare lo script, e neppure credo sia possibile sapere quando il comando print() e` stato eseguito fino in fondo per procedere con il resto dello script.
L'unica cosa che mi viene in mente e` applicare un ritardo:

function stampa(x){
var obj=document.getElementById(x);
obj.style.visibility='hidden';
obj.style.position='absolute';
window.print();
setTimeout('endprint(obj)', 60000);
}
function endprint(obj) {
obj.style.position='';
obj.style.visibility='visible';
}

Non so se un minuto basta (o e` troppo) nel tuo caso per far partire la stampa.

Ciao
Michele